Rebel Allies enthält die Kurzgeschichten The Fugitive, The Navigator und The Guard und jeweils die ersten zwei Kapitel aus Five's Legacy, Return to Paradise und Five's Betrayal.

Die erste Geschichte erzählt davon, wie Mark James seine in Return to Paradise begonnene Suche nach Sarah fortsetzt und dabei mit verschiedenen Fraktionen innerhalb des F.B.I.s aneinander gerät. Zuerst macht er sich auf die lange Fahrt nach New Mexico, wo Sarah in einer geheimen Militärbasis gefangen gehalten werden soll. Hier trifft er auf Agentin Walker, die sich inzwischen gegen die Mogadori gestellt hat. Bei seiner Weiterreise wird er von einer anderen Gruppe von F.B.I.-Agenten in die Falle gelockt. Diese arbeiten noch mit den Mogadori zusammen und sind nicht nur auf der Suche nach ihm, sondern nach Walker.

In der zweiten Geschichte erfährt der Leser, wie Nummer Zehn, Ella, und die Tiere von Lorien nachträglich auch zur Erde gelangt sind. Erzählt wird die Geschichte aus Sicht von Lexa, der Pilotin des zweiten Raumschiffs, die erstmalig in The Fugitive auftritt. Beim Angriff der Mogadori ruft sie ihre Bekannte Zophie zur Hilfe. Sie benötigt jemanden, der ein altes Raumschiff aus dem Museum, in dem sie arbeitet, steuert. Das Schiff soll die Neugeborene Ella und ihren Beschützer Crayton zur Erde bringen. Dafür hat sich Zophie ebenfalls einen Platz an Bord gesichert. Durch die Straßen der Hauptstadt, die sich rasend schnell in einen Kriegsschauplatz verwandelt haben, eilend, gelangt Lexa zum Museum und es gelingt ihnen knapp die Flucht vom Planeten. Nun beginnt ihre achtzehnmonatige Reise durchs All.

Die letzte Geschichte schildert Lexas Leben auf der Erde und ihren versteckten Kampf gegen die Mogadori. Aus ihrer Perspektive wird erzählt, wie sie geheime Verstecke aufbaut und Mark bei seiner Suche nach Sarah unterstützt. An wichtigster Stelle steht für Lexa am Anfang die Rückeroberung des lorischen Raumschiffes aus den Händen von F.B.I. und Mogadori. Dazu versucht sie in eine geheime Militärbasis einzudringen, wird aber schon am Zaun von der örtlichen Polizei festgenommen.

Die Handlungsstränge der drei Geschichten laufen nach und nach alle zusammen und werden mit der Haupthandlung der Lorien Legacies / Das Erbe von Lorien-Romane verwoben.